Su estomago es relativamente pequeño, con una capacidad media de 18 litros y con una forma y posición variables. La superficie parietal limita con el diafragma y el hígado y la visceral con el intestino y el páncreas.
La región glandular pilórica y la región glandular cardíaca contienen glándulas mucosas. Las glándulas de la región glandular fúndica secretan ácido hidroclorhídrico y pepsina. El hígado es la glándula más grande en el caballo y produce la bilis que se libera directamente al duodeno a través del conducto biliar, ya que el caballo carece de vesícula biliar. La bilis ayuda en la digestión de las grasas.
El aporte sanguíneo del hígado lo realizan la vena porta y la arteria hepática. El intestino delgado tiene una longitud de entre 20 y 30 metros. El vómito es un mecanismo muy raro e ineficaz en el caballo, debido probablemente a la excesiva tensión del músculo caudal del esfínter esofágico. La dilatación aguda del estómago puede llegar a provocar su rotura, independientemente de que se produzca el vómito.
